Attention, cette astuce ne marchera que si vous utilisez nautilus en gestionnaire de fichiers.

Comment cacher un fichier ou un dossier sous linux, sans que le nom commence par "." ? Une solution  très simple est d'utiliser un fichier ".hidden"

Créez ce fichier ".hidden" dans le répertoire parent des fichiers/dossiers à cacher, et remplissez le simplement avec la liste des fichiers ou dossiers que vous souhaitez cacher.

Exemple, je souhaite cacher les dossier "Modèles", "Musique" et le fichier "config_blah.txt". Le fichier .hidden placé dans mon /home/edouard contiendra les 3 lignes suivantes:

Modèles
config_blah.txt
Musique

Si je vais dans mon dossier /home/edouard à l'aide de nautilus, les fichiers listés n'apparaissent plus ! (à moins de dire explicitement d'afficher les fichiers cachés à l'aide de CTRL-H)

Et si manipuler directement le fichier vous embête, allez faire un tour par ici (merci mikedafunk)